胚胎染色体异常是先天因素导致，可能来源于遗传，也可能来源于变异。女性在多次出现自然流产之后要做双方的染色体检查，在双方染色体检查过程中就会发现，父母双方本身就存在染色体的异常，所以通过遗传就导致胚胎出现染色体异常。
如果父母双方染色体完全正常，胚胎出现染色体异常，是因为在胚胎发育的敏感期，在怀孕前三个月接触有毒有害的物质。因为外界因素的影响，胚胎的染色体出现变异而引起的异常。
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