在临床上，对于肛瘘治疗最好的方式就是手术治疗。
肛瘘与肛周脓肿其实都是坐骨直肠肛管周围间隙感染，同一种疾病的不同分期。在急性期时，临床上称为肛周脓肿，一般采用抗感染以及脓肿切排引流治疗。慢性期时，通常形成窦道，所以临床上称为肛瘘。肛瘘包括内口与外口，内口一般在直肠肛管附近，外口在肛缘皮肤。
在临床上对于肛瘘治疗：如果是低位肛瘘、单纯性，通常可以采用一次性切除，可以获得治愈。而对于高位、高位复杂性肛瘘，通常需要挂线治疗，才能获得治愈。严重时复杂性肛瘘，甚至需要两次以上挂线手术。
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