功能性消化不良的治疗主要的目的是减轻或者缓解症状，改善患者的生活质量，主要是对症的处理。常用的药物有抑制胃酸分泌的药物，常用的有质子泵抑制剂，如奥美拉唑，兰索拉唑，雷贝拉唑，艾普拉唑等。
如出现上腹痛、上腹部灼热感的患者可用抑酸的治疗。如出现餐后饱胀、早饱为主要症状的，可以用胃肠动力的药物，常用的有伊托必利，多潘立酮等。如出现有幽门螺旋杆菌感染的功能性消化不良的患者要给予根除幽门螺旋杆菌的治疗，可选用含铋剂的四联方案，根除治疗14天。如出现与进餐有关的食欲不振、腹胀等可选用消化酶制剂的处理，常用的有复方消化酶，复方阿嗪米特等。
