大部分的肾结石可能导致腰背部和肾区酸痛不适，以及肾积水、泌尿性感染或出血等并发症。通过适当的治疗，可去除肾结石。但是临床上极少数的患者，肾结石导致的肾积水并感染。严重者可出现感染性休克、尿脓毒症发生。
若处理不及时，可导致危及生命的事件发生。当肾结石导致的泌尿系感染严重时，需要立即予以处理，如充分引流尿液或引流感染的肾积水，应用大量的抗生素予相应的治疗，控制炎症。在炎症妥善控制后，才能进行结石的治疗。
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