排尿时尿道疼痛，并出现尿道流脓，是因为发生了急性尿道炎症。常见的急性尿道炎是由于不洁性生活导致的淋菌性尿道炎与非淋菌性尿道炎，其致病微生物分别为淋球菌与支原体或衣原体，有时大肠杆菌、分枝杆菌、链球菌、葡萄球菌等，这些可在身体抵抗力下降时导致尿道感染，从而引起尿道炎的症状。
发生尿道炎后，需要进行尿道分泌物或脓液细菌培养和药敏试验，以及其它方式的病原体检查，以了解导致尿道炎症的病原体类型。
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