慢性肠炎是指病程超过两个月以上的肠炎，患者的临床症状，主要表现为腹痛，疼痛部位多在脐周或左下腹，呈阵发性疼痛。其次为腹泻，多呈糊状便或稀水样便，可有黏液、脓血或粘液脓血便，多伴有酸臭味，可有肠鸣。
患者如果病变部位靠近直肠、乙状结肠，患者可以有里急后重的表现；根据腹泻的次数的多少和病程的长短，患者还可以表现有乏力、纳差、消瘦、营养不良，甚至贫血的表现；部分患者还有腹胀、恶心甚至发热的情况。
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