甲型流感和乙型流感的主要区别首要的是治病源不同。甲型流感由甲型流感病毒导致，而乙型流感的治病人是乙型流感病毒。
另外，虽然症状相似，但是甲型流感传染程度较高，对人体的伤害也更大，并且容易发生变异。在短期内可以爆发流行。
而乙型流感相对比较温和变异的机会比较小，对人体的伤害性相对小，往往不会暴发流行，以局部流行为主。
这两种病毒在结构上的差异，也决定了传染性的大小。
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