在甘肃甘南地区，当社保基数设定为12400元时，公司需承担的费用主要包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险及生育保险等部分，总计约为2569.6元。

一、养老保险：根据最新的社保政策，单位需要按照16%的比例为员工缴纳养老保险。以12400元作为缴费基数计算，企业每月应缴纳养老保险费为12400×16%=1984元。

二、医疗保险：单位的医疗保险缴费比例是9.5%，因此针对12400元的社保基数，公司将要支付的医疗保险费用为12400×9.5%=1178元。

三、失业保险：对于失业保险，单位和个人各承担0.5%，这意味着企业每月需为每位员工缴纳12400×0.5%=62元的失业保险费。

四、工伤保险：虽然工伤保险的具体费率会依据行业风险有所不同，但在此我们假设一个平均值即0.2%，那么企业每月需支付的工伤保险费用为12400×0.2%=24.8元。

五、生育保险：生育保险完全由单位承担，比例为0.5%，所以基于12400元的基数，生育保险的企业缴纳金额为12400×0.5%=62元。

在甘肃甘南地区，如果社保基数设为12400元，则公司每月大约需要为每位员工承担2569.6元的社会保险费用。这不仅体现了国家对企业职工权益保护的要求，也反映了企业在履行社会责任方面的具体体现。了解这些信息有助于企业和个人更好地规划财务支出，并确保社保制度的有效实施。这也提醒了广大劳动者关注自身权益，确保所在单位依法足额为自己缴纳社会保险。