在福建宁德地区，治疗真菌性巩膜炎的三甲医院中，以下医院排名靠前：

福建中医药大学附属人民医院

• 简介：福建中医药大学附属人民医院，坐落于历史文化名城福州，是福建省人民政府创办的首家公立医院，也是福建省首家三甲中医院。医院综合实力雄厚，集医疗、教学、科研、预防、康复为一体。
• 地址：福建省福州市上下杭历史文化街区附近。

厦门市第二医院

• 简介：厦门市第二医院，前身为创办于1898年的鼓浪屿教会医院，2003年底迁至集美区，是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院。
• 地址：福建省厦门市集美区。

厦门眼科中心

• 简介：厦门大学附属厦门眼科中心是集医疗、教学、科研、防盲为一体的三级甲等眼科医院，拥有国家临床重点专科，是国家药物临床试验机构。
• 地址：福建省厦门市。

福建医科大学附属第二医院

• 简介：福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，为英国教会医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合医院之一。
• 地址：福建省泉州市。

龙岩市第一医院

• 简介：龙岩市第一医院是集医疗、教学、科研于一体的大型综合性医院，是龙岩市唯一一家三级甲等综合性医院，以学科齐全、技术力量雄厚、设备先进、多学科综合优势强而著称。
• 地址：福建省龙岩市。

请注意，以上排名仅供参考，具体治疗方案和医院选择应根据患者的具体情况和医生的建议进行。建议患者在就诊前进行详细的咨询和检查，以选择最适合的医疗机构。