医保卡余额比缴纳的少是正常现象，主要原因包括单位缴费不再划入个人账户、个人账户使用支出以及政策调整等多方面因素。​​单位缴费调整、账户使用、政策改革、系统与操作影响。​​

单位缴费划入比例调整是导致医保卡余额减少的重要因素。自医保改革后，部分地区单位缴费不再划入个人账户，而是全额进入统筹基金，仅个人缴费部分计入个人账户，导致个人账户金额减少。灵活就业人员可能按更高比例缴费，但仅部分进入个人账户，其他进入统筹基金。

个人账户的使用支出也会导致余额减少。医保个人账户用于支付门诊费用、药店购药、住院自付部分等，若频繁使用，余额自然会降低。若存在高额自费医疗项目或未报销费用，账户余额可能短期内消耗较多。

医保政策改革也会影响账户余额。如门诊共济机制实施后，统筹基金支付范围扩大，个人账户资金划入减少，但整体保障水平提升。部分地区调整了缴费基数或比例，若缴费基数下降或单位未按标准缴纳，也会导致划入个人账户的金额减少。

系统延迟或操作问题可能导致余额显示异常。缴费后系统更新滞后、家庭共济功能共享账户资金、银行账户冻结或信息不一致等，均可能造成余额显示不足。新参保人员需等待初始金额划入，初期也可能显示余额较低。

医保卡余额比缴纳的少是正常现象，主要由账户分账机制、政策调整、费用支出及系统操作等多重因素导致。建议查询账户明细，核对缴费记录，确认政策变化，必要时联系医保部门解决疑问。