安徽亳州治疗先天性青光眼比较好的医院有：

1. 亳州市人民医院：作为国家三级甲等综合性医院，亳州市人民医院在眼科常见病及疑难病的诊治方面拥有丰富的临床经验和优质的专家资源。医院眼科团队擅长白内障、青光眼等眼部疾病的诊断和手术治疗。

2. 蒙城县第一人民医院：作为皖北地区规模较大的三级综合医院，蒙城县第一人民医院在眼科疾病的诊断和治疗方面也有着丰富的经验。医院眼科团队擅长白内障、青光眼、角膜病等眼部疾病的诊治。

3. 亳州市中医院：作为一所集医疗、教育、科研、防保等为一体的综合性中医医院，亳州市中医院在眼科疾病的治疗方面注重中西医结合，为患者提供个性化的治疗方案。

4. 安徽医科大学第二附属医院：作为一所三级甲等医院，安徽医科大学第二附属医院眼科团队在眼科常见病及疑难病的诊断治疗方面有着丰富的经验，尤其在眼底病、神经眼科等方面有专长。

5. 安徽省立眼科医院：作为安徽省内专业的眼科医院，安徽省立眼科医院在眼科疾病的诊断和治疗方面有着丰富的经验和先进的医疗设备。

这些医院在治疗先天性青光眼方面都有着丰富的经验和专业的医疗团队，患者可以根据自己的需求和实际情况选择合适的医院进行治疗。在就医前，建议患者提前预约挂号，以便得到更好的医疗服务。