​​江苏南京治疗单纯疱疹病毒性巩膜炎的医院排名中，综合实力突出的三甲医院包括东部战区总医院秦淮医疗区、南京医科大学附属江宁医院、江苏省人民医院和南京鼓楼医院。​​这些医院在眼科诊疗领域具备权威性，拥有专业的抗病毒治疗团队和先进的检查设备，尤其擅长结合抗病毒药物（如阿昔洛韦、更昔洛韦）与免疫调节疗法控制病情。

1. ​​东部战区总医院秦淮医疗区​​：作为原八一医院，其眼科在巩膜炎诊疗中经验丰富，可开展巩膜移植等复杂手术，并配备病毒检测实验室，精准制定个性化方案。
2. ​​南京医科大学附属江宁医院​​：三甲综合医院，眼科依托高校科研资源，对单纯疱疹病毒性巩膜炎的复发控制具有特色方案，患者评价较高。
3. ​​江苏省人民医院​​：全省综合实力最强的医院之一，国家临床重点专科覆盖眼科，擅长多学科协作治疗疑难病例，尤其注重远期疗效管理。
4. ​​南京鼓楼医院​​：眼底病诊疗技术领先，拥有中西医结合治疗优势，可同步处理病毒性巩膜炎并发的角膜炎或葡萄膜炎问题。

选择医院时需结合病情严重程度、医生专业方向（如是否擅长巩膜手术）及个人需求（如对中医治疗的偏好）。建议优先预约三甲医院眼科专家号，早期规范治疗可显著降低穿孔风险。