南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院和南京军区总医院是江苏南京治疗基质性角膜炎较好的医院，这些医院凭借专业的眼科团队和先进的医疗设备，在治疗该疾病方面积累了丰富的经验。

1. 南京医科大学第一附属医院

南京医科大学第一附属医院拥有顶尖的眼科专家团队，专注于各种眼科疾病的治疗，包括基质性角膜炎。医院配备了先进的眼科诊疗设备，为患者提供精准的诊断和个性化的治疗方案。

2. 南京鼓楼医院

南京鼓楼医院的眼科是江苏省重点专科，具备强大的科研能力和临床实力。医院在基质性角膜炎的诊断和治疗上拥有丰富的经验，尤其擅长复杂眼科疾病的手术治疗。

3. 南京军区总医院

南京军区总医院眼科是南京地区较早开展眼科疾病的医疗机构之一，其在治疗基质性角膜炎方面积累了丰富的经验，尤其注重患者的术后康复和长期管理。

4. 江苏省人民医院

江苏省人民医院眼科是江苏省综合性医院中的佼佼者，擅长处理各种复杂的眼科疾病。医院在基质性角膜炎的治疗上采用多种先进技术，确保患者获得最佳的治疗效果。

5. 东南大学附属中大医院

东南大学附属中大医院眼科在治疗基质性角膜炎方面也表现出色，其眼科团队在疾病的早期诊断和综合治疗上具有明显优势。

在选择医院时，建议根据患者的具体病情、医生的专业特长以及医院的地理位置等因素综合考虑，以确保获得最佳的治疗效果。如需进一步了解，可以通过医院的官方网站或电话进行咨询和预约。