吉林通化治疗基质性角膜炎比较好的医院推荐：

1. 通化市中心医院：作为一所集医疗、教学、科研、康复、保健于一体的现代化三级甲等综合性医院，通化市中心医院在眼科疾病治疗方面有着丰富的经验，尤其在角膜科常见病及疑难病的诊治方面，积累了大量的优质专家资源和丰富的临床诊疗经验。

2. 梅河口市中心医院：这家医院眼科创建于1953年，拥有丰富的临床经验和先进的医疗设备。医生团队在角膜炎等眼科常见疾病的治疗与研究方面有着深入的了解，能够为患者提供专业、高效的医疗服务。

3. 通化市人民医院：该医院眼科由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成，熟悉眼科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗角膜炎等方面具有显著优势。

4. 通化爱尔眼科医院：作为一家二级眼科专科医院，通化爱尔眼科医院拥有先进的医疗设备和专业的医生团队。医生团队在角膜病及白内障诊治方面有所专长，能够为患者提供个性化的治疗方案。

5. 通化眼科医院：该医院开设多科室，满足患者不同就医需求。医生团队在角膜炎等眼科疾病的治疗方面有着丰富的经验，能够为患者提供专业、全面的医疗服务。

这些医院在治疗基质性角膜炎方面都有着丰富的经验和专业的医疗团队，患者可以根据自己的需求和实际情况选择合适的医院进行治疗。在就医前，建议患者提前与医院联系，了解具体的就诊流程和注意事项。