内蒙古在治疗不动纤毛综合征方面表现突出的医院主要有以下两家：
一、内蒙古医学院第二附属医院（三甲）
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综合实力
作为自治区唯一的三级甲等骨科专科医院，其外科疾病诊疗设备完善，拥有创伤骨科、显微外科等10个细分专业，具备丰富的临床经验。
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相关科室
虽然以骨科见长，但其普外科、麻醉科等科室为自治区重点学科，可能为不动纤毛综合征患者提供相关支持治疗。
二、通辽市医院（三甲）
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综合规模
通辽市医院是国家级三级甲等综合医院，设有51个临床科室，其中普外科、麻醉科等22个学科为市重点学科，消化内科、新生儿科为自治区级重点学科。
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多学科协作
医院具备医疗、科研、教学等综合实力，可能通过多学科协作为不动纤毛综合征患者制定个性化治疗方案。
其他推荐医院
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包头市中心医院 ：三级甲等综合医院，集医疗、教学、科研于一体，外科在区域内具有较高水平。
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内蒙古林业总医院 ：在肿瘤（消化系统）多学科诊疗方面有突出表现，且多次获省级先进集体称号。
建议
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优先考虑三甲医院 ：三甲医院诊疗设备更先进，专家资源更丰富，但挂号难度较大。
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结合地理位置 ：若患者所在地较远，可优先选择通辽市医院等交通便利的三甲医院。
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专业科室确认 ：建议通过医院官网或电话确认不动纤毛综合征相关科室的诊疗能力。
（注：目前搜索结果中未明确提及具体医院有针对不动纤毛综合征的专项诊疗方案，建议结合医院科室设置及权威性综合评估）
