​​基药目录与医保目录均为我国医药保障体系核心政策工具，但功能定位不同，基药重在临床合理用药与基础保障，医保侧重费用管控与多层次医疗保障。两者存在交叉性，约92%的基药纳入医保，但仅有23%的医保药属于基药​​。

基药目录由国家卫健委制定，核心目标是“安全、必需、有效、价廉”，强调基层全覆盖与公共卫生属性，所有医疗机构均需优先配备，且通过集中采购压低价格。医保目录由国家医保局主导，聚焦控费与参保人需求，按甲乙类划分支付比例，创新药通过谈判准入，兼顾临床价值与基金承受力。二者遴选标准均重视安全性与疗效，但基药更强调基础性治疗需求，医保则需平衡价格与基金平衡。遴选动态上，基药原则上每3年调整，医保每年更新，2023年医保目录含2967种药品（西药1586+中成药1381），基药为685种。调整逻辑上，新获批的高效低价药可能优先进入基药，而医保更倾向通过谈判纳入高价创新药。二者协同机制体现在：基药多数为医保甲类（全额报销），医保目录约23%药品属基药；医保通过支付标准引导基药使用，而基药配备率纳入医院考核。甲乙类药品支付规则差异显著，甲类全额报销，乙类需患者自付部分费用。政策趋势显示，基药与医保目录联动将进一步深化，国家卫健委与医保局协同推进基药增补与医保准入衔接，临床必需且性价比高的药品更易实现“基药-医保”双重身份，助力药物可及性与基金可持续性。