医保科的归属部门需分情况来看，宏观管理层面，城市医保由人社局管理，农村医保由卫健委管理；医院内部，医保科是执行部门，可能隶属于医保局、财务科或医务科。
如果是指宏观层面的医保科，分为城市医保科和农村医保科。城市医保科属于人力资源和社会保障部门（原劳动和社会保障局）下属的事业单位，负责城市职工基本医疗保险、城乡居民基本医疗保险等政策的执行、基金管理及医疗服务监管。农村医保科属于卫生健康部门（原计卫部门）下属的农村合作医疗管理中心，负责农村地区医疗保险的管理工作。
若指的是医院内部的医保科，这是医院专设的服务科室，主要对接医保局，提供相应的服务与支持。在日常生活中常提到的医保科一般就是指医院医保科。其存在不同类型的设置和职能，一般包括医保局或人保局设立的医保科，以及医院内部的医保科。医院医保科的主要任务是审批医院有权批准的医保特殊检查、治疗项目和药品。每月将医院的费用统计后上报给医保局，从医保局领取医保报销金，协助医保局处理各种医保问题，并进行医保医院的日常工作检查。在院领导及“打击欺诈骗保专项领导小组”的指导下开展工作，以确保医保基金的安全和高效运行；根据相关协议，如《黔东南州医疗保障定点医疗机构服务协议》，制定并执行医疗报销和费用控制等方面的计划；全面贯彻基本医疗保险政策及相关物价政策，并遵循各项管理标准，包括对医疗项目和药品价格的监管与调整，确保收费的合理、透明与公平；对定点医疗机构的价格政策执行情况进行监督检查，及时处理违反规定的行为，并与其他部门如卫生健康委员会、发改委等进行沟通与配合，共同推进价格改革。一般来说，医保科由3 - 5名职工组成，多数为行政人员，业务是贯彻落实当地的医保政策，监督检查本医院业务科室执行医保政策的情况，发现问题及时纠正，且医保科直接在主管副院长的领导下工作。
医保科存在多种归属情况，办理相关医保业务时最好提前了解当地具体设置并通过拨打服务热线或前往政务服务中心咨询。
