西藏那曲社保基数5500和5000的主要区别在于‌缴费金额、社保待遇和退休金水平‌。基数越高，每月缴纳的社保费用越多，但未来享受的医疗报销比例、养老金等福利也更高。具体差异体现在养老保险个人账户积累、医保报销上限等方面。

1. ‌缴费金额差异‌
   按5500基数计算：养老保险个人每月缴纳8%（440元），单位缴纳16%（880元）；按5000基数计算：个人缴纳400元，单位缴纳800元。每月差额达120元（个人+单位），一年累计相差1440元。

2. ‌养老金待遇影响‌
   养老保险遵循"多缴多得"原则，5500基数比5000基数每月多计入40元个人账户（按8%计算），长期复利下退休金差距显著。假设缴费30年，5500基数退休后每月基础养老金约比5000基数高15%-20%。

3. ‌医疗保险报销差异‌
   那曲职工医保报销上限与缴费基数挂钩。5500基数对应的年度报销限额通常比5000基数高约10%，大病医疗补充支付比例也可能提升2%-5%。例如三级医院住院报销比例，5500基数可达88%-90%，5000基数约为85%-88%。

4. ‌其他险种影响‌
   失业保险领取金额按缴费基数计算，5500基数失业金每月比5000基数多50-80元；生育津贴以基数为基准，5500基数产妇可多获得约10%的补贴。

建议根据个人收入情况选择基数档位。短期来看，5000基数缴费压力更小；长期而言，5500基数能显著提升社保福利回报，尤其对计划在那曲长期工作或临近退休的人员更有利。灵活就业人员可自主权衡缴费能力与未来收益。