西藏日喀则社保基数13900元和5000元的主要区别体现在以下方面：

缴费金额的区别

• 缴费基数不同：13900元的基数明显高于5000元。
• 缴费金额计算：以养老保险为例，假设缴费比例为20%，13900元的每月缴费金额为2780元（13900 * 20%），而5000元的每月缴费金额为1000元（5000 * 20%）。其他险种如医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险的缴费金额也会随着基数的增加而增加。

待遇水平的区别

• 养老金待遇：缴费基数13900元的职工在退休后领取的养老金会明显高于基数5000元的职工。
• 医疗保险待遇：基数较高的职工在就医时享受的报销比例和限额可能更高。
• 其他待遇：如失业保险、工伤保险和生育保险的待遇也会因缴费基数的不同而有所差异。

个人和企业负担的区别

• 个人负担：基数13900元的职工每月缴纳的社保费用会高于基数5000元的职工。
• 企业负担：企业需要为员工缴纳的社保费用也会随着基数的增加而增加。对于基数13900的员工，企业每月需要缴纳的社保费用会显著高于基数5000的员工。

西藏日喀则社保基数13900和5000在缴费金额、待遇水平以及个人和企业的负担等方面都有明显的区别，选择较高的社保基数虽然缴费更多，但能够享受更高的社保待遇和保障。建议根据个人经济状况和对未来待遇的期望进行权衡选择。