​​脑灰质异常的处理需根据具体病因和症状制定个性化方案，常见方法包括药物控制、手术干预、神经调节及生活方式管理，部分类型可通过早期干预改善预后。​​

脑灰质异常的治疗需综合影像学诊断（如脑功能磁共振、头颅MRI）明确病因，若伴随癫痫发作，首选抗癫痫药物（如左乙拉西坦、奥卡西平），难治性病例可考虑深部射频毁损或病灶切除手术；针对脑灰质异位引发的功能障碍（如运动、感觉异常），可通过营养神经药物（神经节苷脂、鼠神经生长因子）及康复训练改善；针对脑白质变性导致的认知退化，可结合抗氧化剂或多奈哌齐等药物延缓进展。

非药物手段如脑功能磁共振引导的神经调节、脑电图生物反馈能辅助调节异常脑区活动；生活方式干预（健康饮食、规律运动、充足睡眠）与心理行为疗法对整体神经功能恢复亦有辅助作用。孕期女性若发现胎儿脑灰质发育异常，需严格医学评估胎儿预后及遗传风险。需注意，​​脑灰质异位症等先天性异常若未伴发严重结构畸形，部分患者通过早期干预可实现功能代偿​​，但需持续监测认知与神经发育状态。

建议患者尽早就医，由神经科医生根据影像及电生理检查结果定制方案，并定期复查评估疗效。若计划妊娠或存在家族史，需提前进行遗传咨询与全面检查，降低并发风险。