云南玉溪社保基数21400元和5000元的核心区别在于缴费档次不同，直接影响社保待遇水平：基数21400元属于高档次缴费，对应更高的养老金、医保报销等福利；基数5000元则为较低档次，保障基础权益但待遇相对有限。

1. 缴费金额差异
   按21400元基数缴纳社保，个人和单位需承担更高比例的缴费金额，以养老保险为例（个人缴费比例8%），月缴约1712元；而基数5000元仅需缴纳400元，两者月差额超1300元。

2. 养老金计算差距
   养老金与缴费基数直接挂钩，基数21400元退休后每月领取的养老金显著高于5000元基数。例如，缴费满15年且同期退休条件下，前者养老金可能是后者的3-4倍。

3. 医保待遇区别
   高基数对应更高的医保个人账户划拨金额（如按2%比例划入，21400元基数月入428元，5000元仅100元），且部分城市对高基数参保人提供更优的住院报销比例或附加福利。

4. 其他险种影响
   生育津贴、工伤赔偿等均按缴费基数核算，高基数可获更高补偿。如生育津贴按基数21400元计算，领取金额远超5000元基数标准。

总结：选择社保基数需权衡经济能力与保障需求，高基数长期回报更优但短期负担重，低基数适合预算有限者。建议根据收入稳定性及未来规划合理选择档次。