云南玉溪社保基数为6100时，个人所得税的扣税金额主要取决于多项因素，包括社保缴费比例、专项扣除以及适用的税率等。根据现行政策，6100元的社保基数对应的税前收入约为7625元，扣除社保费用和专项附加扣除后，实际应纳税所得额会有所减少，从而影响最终的个人所得税金额。

1. 1.社保缴费比例及金额：在云南玉溪，社保缴费基数6100元对应的各项社保费用比例大致如下：养老保险为8%，医疗保险为2%，失业保险为0.5%，住房公积金通常为5%-12%。假设住房公积金比例为8%，则每月社保及公积金总缴费金额约为1830元。具体计算：养老保险488元（6100元×8%），医疗保险122元（6100元×2%），失业保险30.5元（6100元×0.5%），住房公积金488元（6100元×8%），总计1128.5元。
2. 2.税前收入及应纳税所得额：税前收入为社保基数加上单位缴纳的部分，假设单位缴纳的社保比例为20%，则税前收入约为7625元（6100元÷0.8）。扣除社保及公积金费用后，实际应纳税所得额约为6496.5元（7625元-1128.5元）。
3. 3.专项附加扣除：根据国家税务总局的规定，个人可以享受的专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等。假设某员工每月可享受2000元的专项附加扣除，则应纳税所得额进一步减少至4496.5元（6496.5元-2000元）。
4. 4.适用税率及速算扣除数：根据现行的个人所得税税率表，4496.5元的应纳税所得额适用于10%的税率，速算扣除数为252元。具体计算：个人所得税为197.65元（4496.5元×10%-252元）。
5. 5.最终扣税金额：综合以上计算，6100元社保基数对应的个人所得税约为197.65元。加上社保及公积金费用，总扣款金额约为1326.15元。

云南玉溪社保基数为6100元时，个人所得税的扣税金额约为197.65元。实际扣税金额可能会因个人情况的不同而有所变化，建议根据自身实际情况进行详细计算或咨询专业税务顾问。