不会

生育津贴不会被公司直接扣除。根据相关法律法规和搜索结果，生育津贴的支付方式如下：

一、生育津贴的支付原则

1. 替代工资性质

   生育津贴是职工产假期间的工资替代，用于保障其基本生活。用人单位无需以现金形式直接发放，而是通过社保基金或企业账户支付。

2. 与工资的关系

   • 若生育津贴低于职工本人工资（如低于上年度职工月平均工资），用人单位需补足差额；

   • 若生育津贴高于职工本人工资，则用人单位需将超出部分退还职工。

二、具体支付方式

1. 社保基金直接支付

   已参加生育保险的职工，生育津贴由社保机构直接支付给用人单位，用人单位无需向职工发放现金工资。

2. 企业代扣代缴

   • 企业需代扣职工个人应缴的社会保险和公积金；

   • 收到生育津贴后，企业从津贴中扣除上述代缴部分，剩余金额发放给职工。

三、特殊情况处理

• 未参保企业 ：若企业未为职工缴纳生育保险，则需自行承担生育医疗费用，不得以生育津贴名义扣款；

• 差额补足 ：当生育津贴低于职工上年度平均工资时，企业需在职工离职后补足差额。

四、法律依据

相关法律法规明确禁止用人单位以任何形式克扣生育津贴，否则可能面临法律责任。若用人单位违规操作，职工可通过劳动仲裁或诉讼维护权益。

生育津贴的发放需通过社保基金或企业账户处理，不会直接从职工工资中扣除。