贵州毕节社保基数12400元的情况下，个人所得税扣税金额主要取决于专项扣除和其他免税项目，扣除这些项目后，实际应纳税所得额才是计税基础。 社保基数12400元需要先扣除社保费用，再根据税率和速算扣除数计算应缴税额。以下是详细的计算步骤和关键点：

1. 1.社保费用扣除：社保费用通常由个人和单位共同缴纳，个人部分约占社保基数的10%左右。以毕节为例，个人需缴纳的社保费用大约为1240元（12400元×10%）。扣除社保费用后的应纳税所得额为12400元-1240元=11160元。
2. 2.专项扣除和其他免税项目：根据中国现行的个人所得税法，纳税人还可以享受多项专项扣除，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等。假设纳税人享受的专项扣除总额为2000元，那么最终的应纳税所得额为11160元-2000元=9160元。
3. 3.税率和速算扣除数：根据个人所得税税率表，9160元的应纳税所得额适用3%的税率，速算扣除数为0。应缴个人所得税为9160元×3%=274.8元。
4. 4.总结计算结果：综合以上步骤，社保基数12400元的情况下，扣除社保费用和专项扣除后，实际应缴个人所得税约为274.8元。需要注意的是，实际扣税金额可能会因个人享受的专项扣除项目不同而有所变化。
5. 5.其他注意事项：纳税人应确保所有符合条件的专项扣除项目都已申报，以充分享受税收优惠政策。每年个人所得税的税率和速算扣除数可能会根据国家政策进行调整，建议纳税人及时关注相关政策变化。

贵州毕节社保基数12400元的情况下，扣除社保费用和专项扣除后，实际应缴个人所得税约为274.8元。纳税人应合理利用各项税收优惠政策，确保自身权益得到充分保障。