在四川甘孜，社保基数设为16300元与5000元的主要区别在于缴费金额和享受的社保待遇不同。高基数意味着更高的缴费，同时也可能带来更丰厚的退休金和其他社保福利。

• 缴费基数差异：社保基数直接影响个人及单位每月需缴纳的社保费用。以养老保险为例，若按最高限额16300元作为基数，个人需缴纳的比例是8%，即每月需缴纳1304元；而如果按照较低的基数5000元计算，则个人每月只需缴纳400元。

• 养老金积累差异：较高的社保基数通常会导致个人账户中积累更多的资金，这将直接影响到未来的养老金数额。一般来说，基础养老金和个人账户养老金都与缴费基数挂钩，基数越高，退休后领取的养老金也越多。

• 其他保险待遇差异：除了养老保险外，医疗保险、失业保险等其他社会保险的缴费也会随着基数的不同而变化。较高的基数意味着更大的医疗报销额度以及失业时可能获得的更高失业救济金。

总结而言，在选择社保基数时需要权衡当前的经济负担与未来预期收益。对于希望在未来获得更高社保待遇的人来说，选择较高的社保基数可能是明智之举。对于那些希望减轻当前经济压力的人，则可能会倾向于选择较低的基数。最终的选择应当基于个人财务状况和长远规划来决定。