新疆医保自1999年起正式实施缴费，其中城镇职工医疗保险于1998年12月确定政策，并于1999年开始全面实施；灵活就业人员则从1999年起纳入医保覆盖范围。关键点在于：本地户籍或常住居民可通过职工医保或居民医保参保，职工医保最低缴费年限为男性25年、女性20年（含视同缴费年限），灵活就业人员需缴满15年且实际缴费不少于15年方可退休后免缴享待遇；而居民医保每年需参保缴费方可享受次年待遇，2025年个人缴费标准为400元。
1999年前新疆已有城镇职工医保试点，但全国统一的城镇职工基本医疗保险制度于1998年建立，新疆据此于1999年施行缴费政策。灵活就业人员纳入医保体系始于1999年，缴费比例为缴费基数的9%（可选择单建统筹4%或统账结合9%+2%）。居民医保自2007年启动试点后，新疆于2007至2010年间逐步铺开，2024年明确每年9月至12月为集中缴费期，次年1月起享受医保待遇，未连续参保将设置3至6个月等待期且断缴越久限制越多。目前新疆职工医保住院最高支付限额达32万元，居民医保大病保险封顶线超30万元，且通过缴费年限设置、待遇等待期调整等机制强化保障公平性。参保人可通过"新疆税务社保缴费"小程序等渠道在线缴费，或前往社区、银行柜面完成缴费。
