灵活就业医保年底一般不会清零，但具体情况需根据当地政策和个人缴费情况而定。以下几点可以帮助你更好地理解灵活就业医保的相关规定：

1. 1.政策依据与地区差异：灵活就业医保的政策主要由各地方政府制定，因此不同地区的规定可能存在差异。一般来说，灵活就业人员的医疗保险是按月或按年缴费的，只要在规定时间内完成缴费，医保待遇就不会中断。例如，北京、上海等大城市对灵活就业人员的医保政策相对完善，年底通常不会清零，但一些中小城市或农村地区可能存在不同的规定。
2. 2.缴费方式与待遇享受：灵活就业人员可以选择按月或按年缴纳医保费用。如果选择按年缴费，通常需要在每年年初或年底前完成缴费，否则会影响下一年度的医保待遇。按月缴费的灵活就业人员，只要每月按时缴费，医保待遇就会持续有效，不会因为年底而清零。
3. 3.个人账户与统筹基金：灵活就业人员的医保通常包括个人账户和统筹基金两部分。个人账户中的资金属于个人所有，可以用于支付门诊、药店购药等费用，这部分资金不会因为年底而清零。统筹基金则用于支付住院、大病等费用，这部分资金的使用不受年底影响，但需要注意的是，如果未及时缴费，可能会影响统筹基金的使用。
4. 4.续保与补缴：如果灵活就业人员在年底前未能及时缴费，部分地区允许在一定期限内进行补缴。补缴后，医保待遇可以恢复，但可能会有一定的等待期。续保时，灵活就业人员需要关注当地医保部门发布的通知，了解具体的缴费时间和方式，以免影响医保待遇。
5. 5.特殊情况与咨询：对于一些特殊情况，如失业、疾病等导致无法按时缴费的灵活就业人员，部分地区提供了一定的政策优惠或救济措施。如果对灵活就业医保政策有疑问，建议直接咨询当地医保部门或通过官方渠道查询相关信息，以确保自身权益。

灵活就业医保年底是否清零主要取决于当地政策和个人缴费情况。为了避免医保待遇中断，灵活就业人员应密切关注缴费时间，及时完成缴费，并了解当地的具体规定。如果有任何疑问，及时咨询相关部门是最好的解决办法。