四川眉山社保基数9900元和5000元在缴费金额、社保待遇和长期影响等方面存在一定差异。以下是具体的对比分析：
缴费金额差异
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社保基数9900元：
- 个人每月养老保险缴费：792元（8%）
- 个人每月医疗保险缴费：198元（2%）
- 个人每月失业保险缴费：39.6元（0.4%）
- 单位每月合计缴费：约2219.2元（含养老、医疗等五险）
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社保基数5000元：
- 个人每月养老保险缴费：400元（8%）
- 个人每月医疗保险缴费：100元（2%）
- 个人每月失业保险缴费：20元（0.4%）
- 单位每月合计缴费：约1120元（含养老、医疗等五险）
社保待遇差异
- 养老金：缴费基数越高，退休后每月基础养老金越高。假设缴费15年，按现行公式估算，9900基数比5000基数每月多领约300元（假设社平工资7000元）。
- 医疗保险：基数9900的医保个人账户每月入账金额更多。例如，按2.8%比例划入，9900基数月入237.6元，5000基数为140元。
- 失业保险：缴纳失业保险基数越高，失业保险划账资金越多。在符合领取条件的前提下，缴纳基数高可能影响失业金的领取金额。
长期影响
- 公积金：公积金缴存基数通常与社保一致。基数9900时，按最低比例5%计算，每月公积金入账比5000基数多120元（单位+个人合计），可能提高贷款额度上限。
- 总负担：基数9900的总缴费金额高于基数5000，但长期来看，可能带来更好的社保待遇和更高的养老金领取水平。
四川眉山社保基数9900元相较于5000元，每月需要缴纳更高的社保费用，但长期来看，能够享受更高的社保待遇和养老金水平。个人在选择社保基数时，应根据自身经济状况、未来保障需求以及当地政策进行综合考虑。
