海南屯昌县社保基数为12900时，个人所得税的扣税情况主要取决于具体的税率和扣除项目。根据现行税法，社保缴费基数12900元对应的个人所得税计算如下：

1. 1.社保缴费计算：养老保险：个人缴费比例为8%，即12900元×8%=1032元。医疗保险：个人缴费比例为2%，即12900元×2%=258元。失业保险：个人缴费比例为0.5%，即12900元×0.5%=64.5元。住房公积金：假设缴费比例为12%，即12900元×12%=1548元。总计社保缴费：1032元+258元+64.5元+1548元=2902.5元。
2. 2.应纳税所得额计算：应纳税所得额=社保缴费基数-社保缴费总额-免征额（5000元）。即12900元-2902.5元-5000元=4997.5元。
3. 3.个人所得税计算：根据现行税率表，4997.5元落在第1级税率区间（不超过3000元），适用税率为3%。应纳个人所得税=4997.5元×3%=149.93元。
4. 4.综合扣税情况：总扣税金额=社保缴费总额+应纳个人所得税。即2902.5元+149.93元=3052.43元。

在海南屯昌县，社保基数为12900元时，个人需要缴纳的社保费用为2902.5元，个人所得税为149.93元，总扣税金额为3052.43元。了解这些扣税细节有助于个人更好地规划财务，确保合理缴纳各项费用。

在实际操作中，建议个人定期核对社保缴费基数和税率变化，以确保扣税计算的准确性。关注当地政策调整，以便及时调整财务规划。通过合理的财务管理和税务规划，个人可以有效减轻税负，提升个人财务健康水平。