海南琼海社保基数为12900元时，扣税情况主要取决于个人收入水平、社保缴纳比例以及个人所得税税率。 社保缴纳基数越高，个人承担的社保费用和可能面临的个人所得税也相应增加。以下是详细的扣税情况分析：

1. 1.社保缴纳比例：养老保险：个人缴纳8%，即12900元×8%=1032元。医疗保险：个人缴纳2%，即12900元×2%=258元。失业保险：个人缴纳0.5%，即12900元×0.5%=64.5元。工伤保险和生育保险个人通常不需缴纳。住房公积金：个人缴纳比例一般为5%-12%，假设按8%计算，即12900元×8%=1032元。总计社保缴纳金额：1032+258+64.5+1032=2386.5元。
2. 2.应纳税所得额计算：社保扣除后，应纳税所得额=12900元-2386.5元=10513.5元。每月5000元的免征额后，实际应纳税所得额=10513.5元-5000元=5513.5元。
3. 3.个人所得税计算：根据中国现行的个人所得税税率表，5513.5元落在第二档（3000元至12000元），税率为10%，速算扣除数为210元。应缴个人所得税=5513.5元×10%-210元=551.35元-210元=341.35元。
4. 4.总扣税情况：社保缴纳总额：2386.5元。个人所得税：341.35元。总扣税金额：2386.5元+341.35元=2727.85元。
5. 5.实际到手工资：实际到手工资=12900元-2727.85元=10172.15元。

海南琼海社保基数为12900元时，个人需要缴纳的社保费用和个人所得税总计约为2727.85元，实际到手工资约为10172.15元。了解这些扣税情况有助于个人更好地规划财务，确保合理避税和财务健康。