海南琼海社保基数12400元和5000元的区别主要体现在缴费金额、社保待遇以及适用对象等方面，具体如下：
缴费金额
- 社保缴费金额计算：琼海职工社保年缴费金额=社保月缴费基数社保比例12个月。如果按照12400元作为月缴费基数，那么年缴费金额大约为12400*（养老保险8%+医疗保险2%+失业保险1%+工伤保险0.5%+生育保险0%）12=17952元；如果按照5000元作为月缴费基数，年缴费金额大约为5000*（养老保险8%+医疗保险2%+失业保险1%+工伤保险0.5%+生育保险0%）12=9600元。
- 养老保险：以12400元为基数，企业和个人合计缴纳比例为20%+8%=28%，每月需缴纳227.2元，一年为2726.4元；以5000元为基数，企业和个人合计缴纳比例为20%+8%=28%，每月需缴纳122.5元，一年为1470元。
- 医疗保险：以12400元为基数，单位和个人合计缴纳比例为8%+2%=10%，每月需缴纳99.2元，一年为1190.4元；以5000元为基数，单位和个人合计缴纳比例为8%+2%=10%，每月需缴纳49.6元，一年为595.2元。
- 失业保险：以12400元为基数，单位和个人合计缴纳比例为1%+1%=2%，每月需缴纳12.4元，一年为148.8元；以5000元为基数，单位和个人合计缴纳比例为1%+1%=2%，每月需缴纳5元，一年为60元。
- 工伤保险和生育保险：由企业全额承担，个人无需缴纳。。
社保待遇
- 养老保险待遇：社保待遇与社保缴费是直接挂钩的，尤其是养老保险；每个月社保缴费都会有一笔资金划入到个人养老保险账户中，这笔资金主要是用于退休后养老金的发放，社保缴费基数越高，划入个人账户的余额就会越高，退休后所获得的养老金自然也会更多。
- 医疗保险待遇：医疗保险缴费基数越高，划入个人账户的金额也会相应增加，从而提高门诊报销的比例和金额。
适用对象
- 12400元基数：通常适用于工资收入较高的职工，或者是选择按照较高基数缴纳社保的人员。
- 5000元基数：适用于工资收入较低的职工，或者是选择按照较低基数缴纳社保的人员。
需要注意的是，以上内容仅供参考，由于各地的社保缴费基数和比例可能会有所不同，因此具体缴费金额和待遇可能会有所差异。建议咨询当地社保机构或相关部门以获取准确的信息。
