海南三沙社保基数20000元和5000元的区别主要体现在缴费金额、社保待遇及长期权益上，具体如下：
缴费金额差异
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养老保险：
- 基数20000元：个人缴纳8%，即1600元；单位缴纳16%，即3200元。
- 基数5000元：个人缴纳8%，即400元；单位缴纳16%，即800元。
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医疗保险：
- 基数20000元：个人缴纳2%，即100元；单位缴纳6.5%，即130元。
- 基数5000元：个人缴纳2%，即100元；单位缴纳6.5%，即130元。
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失业保险：
- 基数20000元：个人缴纳1%，即200元；单位缴纳0.5%，即100元。
- 基数5000元：个人缴纳1%，即50元；单位缴纳0.5%，即25元。
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工伤保险和生育保险：
- 基数20000元：企业需缴纳0.5%~2%的工伤保险费，具体金额视情况而定；生育保险由企业全额承担，缴纳比例为0.8%。
- 基数5000元：企业需缴纳0.5%~2%的工伤保险费，具体金额视情况而定；生育保险由企业全额承担，缴纳比例为0.8%。
社保待遇影响
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养老金：
- 基数20000元按上限缴纳，退休后养老金显著高于基数5000元（遵循多缴多得原则）。
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医保报销：
- 高基数下医保个人账户划入金额更高，门诊和住院报销额度更充裕。
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失业金、生育津贴等：
- 相关补贴金额通常与缴费基数挂钩，高基数领取金额更高。
长期权益与限制
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缴费上限：
- 基数20000元可能触及上限（300%社平工资），超出部分不增加缴费；基数5000元若低于下限，需按4812元缴纳。
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经济压力：
- 高基数意味着更高的经济负担，但长期来看，享受到的社保待遇也更高。
在选择社保基数时，需要根据个人经济状况和未来保障需求进行综合考虑。如果经济条件允许，选择较高的社保基数可以确保更全面的保障和更高的未来收益；如果预算有限，选择较低的社保基数则是更经济的选择。
