海南三沙社保基数5300元和5000元的主要区别体现在缴费金额和个人承担的费用比例上，具体如下：

缴费金额差异

• 养老保险：
  • 以5000元基数计算：个人缴费800元（5000×8%），单位缴费1200元（5000×16%）。
  • 以5300元基数计算：个人缴费848元（5300×8%），单位缴费1248元（5300×16%）。
• 医疗保险：
  • 以5000元基数计算：个人缴费100元（5000×2%），单位缴费320元（5000×8%）。
  • 以5300元基数计算：个人缴费106元（5300×2%），单位缴费336元（5300×8%）。
• 失业保险：
  • 以5000元基数计算：个人缴费50元（5000×0.5%），单位缴费50元（5000×0.5%）。
  • 以5300元基数计算：个人缴费51.5元（5300×0.5%），单位缴费51.5元（5300×0.5%）。
• 工伤保险：
  • 以5000元基数计算：单位缴费40元（5000×0.4%）。
  • 以5300元基数计算：单位缴费42.4元（5300×0.4%）。
• 个人年缴费总计：
  • 以5000元基数计算：约6000元/年。
  • 以5300元基数计算：约6200元/年。
• 单位年缴费总计：
  • 以5000元基数计算：约14000元/年。
  • 以5300元基数计算：约14400元/年。

个人承担的费用比例差异

• 养老保险：个人缴费比例为8%，以5000元基数计算，每月个人缴费800元，以5300元基数计算，每月个人缴费848元。
• 医疗保险：个人缴费比例为2%，以5000元基数计算，每月个人缴费100元，以5300元基数计算，每月个人缴费106元。
• 失业保险：个人缴费比例为0.5%，以5000元基数计算，每月个人缴费50元，以5300元基数计算，每月个人缴费51.5元。

总的来说，如果您的工资收入高于当地上年度职工平均工资的300%，以当地上年度职工平均工资的300%为缴费基数，即24150元为缴费基数，那么选择5300元作为缴费基数会使得您的社保缴费金额增加，但个人承担的费用比例会略有上升。