广西玉林社保基数为12900元时，每月个人部分需要缴纳425.63元。关于扣税金额，由于个人所得税的计算涉及多个因素，无法直接给出具体扣税金额。不过，我们可以提供一个大致的计算方法和步骤，帮助您了解如何根据社保缴纳金额计算个人所得税。

社保缴纳金额计算

• 养老保险：个人缴费比例为8%，所以养老保险个人缴纳部分为12900元 × 8% = 1032元。
• 医疗保险：个人缴费比例为2%，所以医疗保险个人缴纳部分为12900元 × 2% = 258元。
• 失业保险：个人缴费比例为0.2%，所以失业保险个人缴纳部分为12900元 × 0.2% = 25.8元。
• 工伤保险和生育保险：个人无需缴纳。

个人所得税计算步骤

• 确定社保缴纳金额：将上述各项社保缴纳金额相加，得到社保缴纳总金额。
• 计算应纳税所得额：应纳税所得额 = 工资薪金收入 - 社保缴纳金额 - 专项扣除（如子女教育、住房贷款利息等）- 起征点（5000元/月）。
• 套用个人所得税税率表：根据最新的个人所得税税率表，对应不同的应纳税所得额，税率和速算扣除数有所不同。
• 计算应缴纳个人所得税：应缴纳个人所得税 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数。

请注意，具体的扣税金额还需根据您的实际情况（如专项扣除等）和当地的具体税收政策来确定。如需精确计算，建议使用税务部门提供的计算工具或咨询专业人士。