广东湛江社保缴费基数16500元和5000元的核心区别在于缴费金额、社保待遇（养老金、医疗报销等）及未来福利水平。高基数（16500元）缴费更高但享受更高保障，低基数（5000元）负担较轻但待遇相应降低。

1. 缴费金额差异
   按湛江现行比例计算，16500元基数每月个人社保缴费约为1815元（养老8%+医疗2%+失业0.2%），而5000元基数仅需550元。单位缴纳部分差距更大，高基数单位需承担约3465元/月，低基数仅1050元。

2. 养老金待遇
   养老金计算与缴费基数直接挂钩。16500元基数退休后月领养老金约为5000元基数的3倍（假设缴费年限相同）。例如，按15年缴费估算，高基数养老金约2400元/月，低基数约800元/月。

3. 医疗报销额度
   高基数参保人医保个人账户每月入账330元（16500×2%），5000元基数仅100元。住院报销时，高基数可享受更高封顶线（如湛江职工医保年报销上限50万元，低基数可能受限）。

4. 其他福利影响
   生育津贴、工伤赔偿等均按缴费基数核算。16500元基数产妇可领生育津贴约2.5万元（按98天计），5000元基数仅7500元；工伤一次性伤残补助金差距可达数万元。

建议根据长期收入规划选择基数：高收入者选高基数以优化保障，短期预算紧张者可暂选低基数，但需权衡未来待遇差距。