广东深圳社保缴费基数16600元和5000元的主要区别在于缴费金额、社保待遇（如养老金、医疗报销）及个人账户积累速度。基数越高，单位和个人缴纳的社保费用越多，未来享受的福利水平也更高，但当期到手工资会减少；基数低则缴费压力小，但长期保障可能不足。

1. 缴费金额差异
   以深圳养老保险为例（单位比例14%，个人8%）：

   • 基数16600元：单位月缴2324元，个人月缴1328元，合计3652元。
   • 基数5000元：单位月缴700元，个人月缴400元，合计1100元。
     基数高者每月多缴2552元，但养老金计算时缴费指数更高。

2. 社保待遇影响

   • 养老金：退休后月领取额与缴费基数挂钩，16600元基数下个人账户积累更快，基础养老金也更高。
   • 医疗报销：深圳医保报销上限与缴费基数相关，基数高者享受更高的年度报销限额和门诊大病待遇。

3. 短期与长期权衡

   • 高基数适合收入稳定、注重长期保障的人群，尤其是计划在深圳退休者；
   • 低基数可减轻短期经济压力，但可能影响未来医疗和养老需求。

建议根据个人收入、职业规划及家庭需求选择基数，深圳社保政策允许企业按职工实际工资申报基数，但需在上下限范围内（2025年深圳上下限以官方公布为准）。