根据2024年最新个人所得税法及搜索结果，河南济源市社保基数为12500元时，月工资扣除五险一金后的个税计算如下：

一、扣除标准与计算步骤

1. 起征点

   当前个人所得税起征点为5000元，扣除五险一金后，应纳税所得额不足部分可免征个税。

2. 五险一金扣除

   假设五险一金个人承担部分为2000元（具体比例可能因单位政策略有差异）。

3. 应纳税所得额

   计算公式： $$应纳税所得额 = 月工资 - 五险一金个人部分 - 起征点$$
   $$应纳税所得额 = 12500元 - 2000元 - 5000元 = 5500元$$

4. 税率与速算扣除数

   根据2024年税率表，5500元属于“超过3000元至12000元”区间，适用10%税率，速算扣除数为210元。

5. 应纳个税

   计算公式： $$应纳个税 = 应纳税所得额 \times 税率 - 速算扣除数$$
   $$应纳个税 = 5500元 \times 10% - 210元 = 340元$$

二、注意事项

1. 社保比例差异

   不同地区五险一金比例可能不同，建议以单位实际缴纳金额为准。

2. 专项附加扣除

   若存在子女教育、住房贷款等专项附加扣除，可进一步减少应纳税所得额。

3. 申报建议

   实际申报时需结合当地最新政策，确认五险一金基数及专项附加扣除项目，避免计算误差。

在河南济源市社保基数为12500元的情况下，月工资扣除五险一金后，应纳个人所得税为 340元 。