根据2025年最新个人所得税政策，山东菏泽社保基数为10000元时，扣除起征点、社保及专项附加扣除后的应纳税额计算如下：

一、扣除标准与基数

1. 起征点 ：2025年统一降至5000元；

2. 社保扣除 ：包括养老保险、医疗保险等，个人缴纳部分约为849元（具体金额可能因缴费比例略有差异）；

3. 专项附加扣除 ：根据家庭情况扣除，如子女教育、住房贷款利息等。

二、应纳税所得额计算

应纳税所得额 = 工资收入 - 起征点 - 社保扣除 - 专项附加扣除

假设无专项附加扣除，计算如下：

应纳税所得额 = 10000元 - 5000元 - 849元 = 4151元

三、税率适用与税额计算

根据应纳税所得额4151元，适用3%税率：

税额 = 4151元 × 3% = 124.53元

四、综合示例

若存在专项附加扣除（如子女教育2000元）：

应纳税所得额 = 10000元 - 5000元 - 849元 - 2000元 = 2101元

税额 = 2101元 × 3% = 63.03元

注意事项

1. 具体专项附加扣除需根据家庭实际情况申报；

2. 社保扣除金额可能因地区政策略有差异，建议咨询当地社保部门；

3. 若扣除后应纳税所得额低于0，则无需缴税。

建议通过个人所得税APP或当地税务机关获取精确计算结果。