医保关系转移后个人账户余额消失，可能由以下原因导致，并需根据具体情况处理：

一、转移未完成

1. 手续未办理

   若未在原参保地办理医保关系注销或未提交完整转移申请材料，个人账户余额可能未同步转移。

2. 审核未通过

   转移申请可能因材料不全或不符合规定被拒绝，导致余额未处理。

二、系统延迟或操作问题

1. 银行转账延迟

   医保个人账户资金转移依赖银行间清算，可能存在2-3个工作日延迟到账情况，需耐心等待。

2. 信息匹配错误

   身份信息或参保地信息录入错误可能导致账户未成功关联，需联系原参保地或新参保地经办机构核查。

三、其他原因

1. 账户类型差异

   若原参保地为职工医保，转入地为居民医保，个人账户性质不同，余额可能无法转移。

2. 余额用尽

   若原账户余额已用完，新账户将无法接收转移资金。

解决建议

1. 查询转移进度

   通过原参保地或新参保地医保经办机构查询转移状态，确认是否已进入银行处理流程。

2. 联系银行处理

   若超过7个工作日未到账，可联系原参保地银行核实转账是否失败或延迟。

3. 检查账户状态

   确认新医保卡已激活且处于正常状态，避免因卡片问题影响资金到账。

4. 重新办理转移

   若上述方法无效，需重新提交转移申请，并确保材料完整准确。

法律依据

根据《社会保险法》第二十五条、第二十八条和第三十条，社会保险关系转移应遵循“权益随人转移”的原则，个人账户余额作为参保人权益的一部分，理应同步转移。若因机构操作问题导致权益受损，可通过社保部门申诉渠道维权。