在福建厦门，社保基数12400元和5000元的主要区别体现在缴费金额、社保待遇（如养老金、医保报销）及公积金账户积累上。基数越高，个人与单位缴纳的社保费用更多，未来可享受的福利水平更高，但当期到手工资相对减少；基数低则缴费压力小，但长期保障较弱。

1. 缴费金额差异
   以2025年厦门社保比例为例（养老保险个人8%、单位16%）：

   • 基数12400元：个人月缴992元，单位缴1984元，合计2976元；
   • 基数5000元：个人月缴400元，单位缴800元，合计1200元。
     高基数每月多缴1776元，但单位承担部分也显著增加。

2. 社保待遇对比

   • 养老金：缴费基数直接影响未来养老金计算，基数12400元退休后领取的金额通常高于5000元基数。
   • 医保报销：厦门医保报销限额与缴费基数挂钩，高基数可能享受更高年度报销上限。
   • 公积金：若单位同步按基数缴存公积金，高基数账户积累更快，购房贷款额度优势明显。

3. 短期与长期权衡
   选择低基数可减少当期工资扣除，适合短期现金流紧张人群；高基数更适合注重长期保障（如养老、医疗）及公积金福利的职工。企业需合规选择基数，避免按最低基数缴纳导致员工权益受损。

总结：社保基数选择需结合个人收入、家庭需求及未来规划综合考量，建议在能力范围内选择较高基数以提升长期保障水平。