肥西县医保在合肥市就医的报销比例需根据医疗机构等级和参保人员类型综合计算，具体如下：

一、门诊报销比例

1. 普通门诊

   • 在市域内二级及以上医疗机构（如安徽医科大学附属医院）发生的门诊医疗费用，年度累计超过800元的部分，医保基金按60%比例支付，年度基金累计最高支付2000元/人。

   • 在市内跨县域发生的大额普通门诊费用，医保基金支付比例降低10个百分点。

2. 特殊门诊

   • “高血压”“糖尿病”等慢性病门诊可享受专项报销政策，但需符合相关病种认定条件。

二、住院报销比例

1. 报销标准

   • 住院费用超过起付标准后，按医疗机构等级报销：

     • 一级医院：在职职工94%，退休人员97%

     • 二级医院：在职职工92%，退休人员96%

     • 三级医院：在职职工90%，退休人员95%

   • 2025年新政策调整后，三级医院起付标准为600元。

2. 年度报销限额

   • 住院报销年度限额为30万元，具体分段补偿：

     • 5001-10000元：补偿65%

     • 10001-18000元：补偿70%

三、其他注意事项

1. 起付标准

   • 三级医院起付标准为600元，二级及以下医院无统一起付标准（具体以当年政策为准）。

2. 退休人员优惠

   • 退休人员及工作年限满30年的在职职工，个人承担比例减半。

3. 异地就医

   • 在合肥市三级、二级、一级定点医疗机构住院，医保报销比例分别为60%、70%、80%。

四、报销流程

1. 准备材料：住院病历、费用清单、发票等

2. 提交申请：向社会保险基金管理局提交报销单据

3. 审核结算：医保基金审核通过后按月拨付

以上信息综合了2021-2025年最新政策，具体执行以当年官方文件为准。