根据相关法律法规和搜索结果，单位保险停止缴纳后参加新农合的流程及注意事项如下：

一、职工医保停缴后的处理方式

1. 办理职工医保销户

   需携带身份证、户口簿原件及复印件，前往户籍所在地医保经办机构办理职工医保销户手续。

2. 确认参保资格

   • 若为农村户籍，可申请新农合；若为城镇职工，需以灵活就业人员身份参加职工社保（单位缴费由个人承担）。

二、新农合参保流程

1. 准备材料

   • 身份证、户口簿原件及复印件。

   • 近期免冠照片（部分地区需）。

   • 劳动合同解除书（非必需，但有助于证明就业状态）。

2. 办理参保登记

   • 到户籍所在地村委会或居委会办理新农合参保登记手续，提交上述材料。

   • 部分地区需通过乡镇社保所办理。

3. 缴费与待遇享受

   • 完成登记后，按年度缴纳新农合费用，具体缴费标准由当地政府规定。

   • 新农合与职工医保不可同时参保，需选择其中一种保险类型。

三、注意事项

1. 时间节点

   • 部分地区要求在年底前办理新农合参保登记，具体以当地政策为准。

2. 政策差异

   • 若单位曾缴纳职工医保，需先办理销户，再参保新农合。

   • 若单位未缴纳职工医保，可考虑以灵活就业人员身份缴纳职工社保，但无法同时享受新农合待遇。

3. 咨询确认

   • 具体办理流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前电话咨询当地社保部门或村委会。

四、特殊情况处理

• 若单位拒绝配合办理职工医保销户，可向劳动仲裁委员会申请仲裁或向社保部门投诉。

• 若已参加大病补充保险，新农合报销后个人自付部分可按比例获得大病补充报销。

建议根据自身户籍性质和实际情况，选择最适合的医疗保障方式，并确保材料齐全以顺利完成参保登记。