根据2024年最新个人所得税计算方法，辽宁营口社保基数为6400元时，扣除社保后的应纳税额如下：

一、基础计算

1. 应纳税所得额

   计算公式： $$应纳税所得额 = 工资收入 - 起征点（5000元）$$
   $$应纳税所得额 = 6400元 - 5000元 = 1400元$$

2. 适用税率与速算扣除数

   根据税率表，1400元属于“工资、薪金所得”中的3%税率区间，速算扣除数为0元。

3. 应纳个人所得税

   计算公式： $$应纳个人所得税 = 应纳税所得额 \times 3% - 0元$$
   $$应纳个人所得税 = 1400元 \times 3% = 42元$$

4. 实际到手金额 $$实际到手金额 = 工资收入 - 应纳个人所得税$$
   $$实际到手金额 = 6400元 - 42元 = 6358元$$

二、专项扣除的影响

若存在专项扣除（如五险一金、专项附加扣除等），需在应纳税所得额中进一步扣除： $$应纳税所得额 = 1400元 - 专项扣除金额$$

应纳个人所得税按调整后金额计算。

三、注意事项

1. 社保缴费基数

   6400元为职工个人缴费基数，单位缴费基数可能更高，需以实际约定金额为准。

2. 年度汇算清缴

   若全年综合所得需补税，可在次年3月1日至6月30日办理汇算清缴。

3. 地区政策差异

   若单位或个人享受地方性补贴等政策，可能影响实际税负，建议咨询当地税务机关。

以上计算基于2024年统一标准，若政策调整，需以最新规定为准。