内蒙古阿拉善盟社保基数6200和5000的区别主要在于缴费金额、养老金待遇和医疗报销额度等方面。

1. 缴费金额不同：社保基数高，个人和单位缴纳的社保费用就多。以6200为基数计算，个人缴纳的费用会比以5000为基数时多一些，具体金额根据社保缴费比例而定。例如养老保险个人缴费比例为8%，那么6200基数时个人每月缴纳养老保险费为6200×8% = 496元，而5000基数时则为5000×8% = 400元。
2. 养老金待遇有别：养老金与缴费基数、缴费年限等因素有关。在其他条件相同的情况下，社保基数越高，退休后领取的养老金可能越多。因为养老金计算中，基础养老金与退休时上年度当地职工平均工资和个人平均缴费指数相关，缴费基数高意味着个人平均缴费指数可能更高，从而影响养老金水平。
3. 医疗报销额度差异：医保报销通常有起付线和封顶线等规定，部分医疗费用报销与缴费基数挂钩。6200基数对应的医保账户资金可能会比5000基数时多，在看病就医报销时，可报销的额度或许也会更高，比如在一些门诊大病报销或者住院报销中，能享受到更高的报销上限。

社保基数6200和5000存在多方面区别，这些区别会在当下缴费以及未来享受社保待遇时有所体现，大家可根据自身经济状况等合理选择社保缴费基数。