在广东省内跨市就医时，农村医保住院报销比例根据医疗机构级别有所不同，参保人员可以享受与参保地相同的待遇，其中一级医疗机构报销比例为90%，二级医疗机构为85%，三级医疗机构为80%。

对于广东省内跨市就医的农村合作医疗参保者来说，了解不同级别的医疗机构对应的报销比例至关重要。当选择乡镇卫生院这类的一级医疗机构进行住院治疗时，报销比例最高可达90%。这意味着大部分的医疗费用将由医保基金承担，减轻了患者的经济负担。

在选择县级或市级的二级医疗机构住院时，报销比例会有所下降至85%。尽管如此，这一比例仍然能够确保患者在获得更专业医疗服务的享受到较为优惠的医保政策。这对于需要接受中级水平诊疗服务的患者而言，是一个重要的保障措施。

如果病情需要前往省级或更大规模的三级医疗机构住院治疗，那么报销比例则进一步降至80%。虽然这比前两级医疗机构略低，但考虑到三级医院往往具备更为先进的医疗设备和技术力量，这样的报销安排依然是合理且必要的。针对异地转诊的情况，经批准后至市外定点医院的报销比例通常为80%，而未经转诊自行前往外地就医的报销比例则可能降低至70%，同时设有起付线600元。

为了更好地利用医保资源，参保人员应当提前做好跨市就医备案工作。通过线上或线下渠道完成备案后，可以在备案的有效期内多次就诊并享受直接结算服务。这样做不仅简化了报销流程，也避免了因未及时备案而导致无法享受应有的报销权益。熟悉并掌握这些报销规则，有助于参保人员更加科学合理地规划自己的医疗消费，从而有效控制个人支出，提高健康保障水平。