农村合作医疗在三甲医院门诊报销需遵循以下步骤：

1. 就诊与缴费：在三甲医院门诊就诊，并完成医疗费用的缴纳。

2. 获取发票与清单：确保从医院获取到详细的医疗费用发票和费用清单，这些是报销的重要凭证。

3. 准备报销材料：通常需要准备的材料包括：

   • 农村合作医疗证
   • 医疗费用发票原件
   • 费用清单
   • 门诊病历或诊断证明
   • 个人身份证明（如身份证）

4. 前往指定地点报销：

   • 在户籍所在地报销：通常情况下，农村合作医疗的报销需要回到户籍所在地的乡镇卫生院或县级医保经办机构进行。
   • 部分地方支持异地报销：随着政策的完善，有些地方已经开始支持在三甲医院直接报销或者在就诊地的医保经办机构报销，具体请咨询当地医保部门。

5. 提交材料并审核：将准备好的材料提交给报销机构，工作人员会对材料进行审核。

6. 报销金额计算：报销金额通常根据当地农村合作医疗的政策规定，结合医疗费用的具体情况进行计算。一般会设定起付线、封顶线以及报销比例等。

7. 领取报销款：审核通过后，报销款将通过银行转账等方式发放给患者。

总结：农村合作医疗在三甲医院门诊报销需要按照规定的流程进行，包括就诊缴费、获取发票清单、准备材料、提交报销等步骤。具体报销比例和流程可能会因地区政策而有所不同，建议在报销前咨询当地医保部门以获取准确信息。