农村合作医疗跨区报销比例因地区、医院级别和是否经过转诊而有所不同，通常在40%至80%之间，部分地区对特定病种或特殊群体有更高的报销额度。

异地就医时，未经转诊的患者在省外非定点医院就医，起付线可能高达1000元，报销比例为45%；而在省级定点医院就医，起付线约为700元，报销比例可达55%。对于已办理转诊手续的患者，在市外定点医院的报销比例可达到60%-80%，具体取决于医院的级别。

门诊报销方面，普通门诊报销比例一般为50%，每人每年封顶80元；慢性疾病门诊报销比例则更高，部分病种如糖尿病、高血压等可享受70%的报销比例，并设有年度报销限额。住院费用报销根据医疗机构的不同等级有所区别，乡镇级医疗机构的报销比例最高可达90%，而三级医院的报销比例则相对较低。

针对儿童先天性心脏病、白血病等重大疾病，以及一些地方规定的特殊病种，报销政策会更加优惠，力求减轻患者的经济负担。参保人员需注意不同地区的具体规定，确保了解最新的报销政策。

农村合作医疗跨区报销比例受多种因素影响，参保人应提前咨询当地医保部门，以获取最准确的信息，并按规定流程申请报销。对于需要长期治疗或者面临高额医疗费用的患者来说，熟悉这些报销规则尤为重要。