医保和社保基数不一致可能带来‌补缴差额、待遇降低、法律风险‌等隐患。我国社保体系要求"五险"基数原则上统一，但实际操作中因申报错误、政策理解偏差或企业违规行为，常出现医保单独采用低基数的情况，这种操作存在显著风险。

1. ‌待遇受损风险‌
   医保报销额度与缴费基数直接挂钩。以某地政策为例，医保个人账户每月划入金额为基数的2%-4%，若人为降低基数，将导致个人账户资金缩水。住院报销时，部分城市设定报销上限为基数的4-6倍，基数差异可能使大病患者少获数万元报销款。

2. **稽查处罚风险
   社保稽核发现基数差异时，企业需补缴‌历年差额及滞纳金‌。2023年某市稽查案例显示，某企业因医保基数低于养老基数20%，被追缴3年差额并处罚款，单名员工补缴额就超1.2万元。情节严重的可能面临应缴金额1-3倍的罚款。

3. **劳动关系隐患
   单险种降基数可能被认定为‌未足额缴纳社保‌，劳动者可据此提出解除劳动合同并要求经济补偿。司法实践中，北京某员工就因企业医保基数仅为实际工资30%，成功主张2N赔偿金，企业额外支付8.3万元。

4. **数据比对暴露风险
   金税四期系统已实现‌五险一金数据交叉比对‌，2024年起多地医保局与税务共享缴费数据，系统自动预警基数差异超过10%的企业。某省半年内就查处违规企业1700余家，平均补缴金额达5.6万元/家。

建议用人单位每年7月基数调整时，核对五险申报数据的一致性。劳动者可通过"电子社保卡"小程序查询各险种缴费基数，发现差异超过5%应及时要求企业更正，保留工资流水作为维权依据。跨地区就业者需特别注意，部分城市允许养老和医保基数暂时差异，但需符合当地过渡性政策规定。