跨市医保转移后余额消失，可能由以下几种原因导致：医保机构尚未完成转账、查询方式不正确、医保账户类型问题等。以下是具体原因及解决方法：

1. 医保机构尚未转账

医保转移需要一定时间处理，如果在转移后不久发现余额为零，可能是医保经办机构尚未完成转账。建议耐心等待一段时间，再次查询余额。

2. 查询方式不正确

医保资金分为个人账户和统筹账户，只有个人账户中的资金可以查询。如果查询方式错误，可能只能看到统筹账户，而该账户中的资金无法直接查询。参保人员应确保使用正确的查询方式，例如在当地社保官网输入正确的账号密码后查询医保个人账户中的资金。

3. 医保账户类型问题

对于灵活就业人员，如果不按最低缴费标准设立个人医保账户，可能会导致账户余额为零。城乡居民医保通常不设立医保个人账户，如果是参加的这种医保，账户余额为零是正常现象。

4. 转账过程中出现错误

在医保转移过程中，如果个人账户余额没有随之转移，可能是因为转移过程中出现了问题。此时，应联系原参保地或新参保地的医保经办机构，核实并解决问题。

5. 余额已用尽

如果参保人在转移前已将医保账户中的余额用尽，那么转移后账户余额自然为零。这种情况需要确认账户使用记录，确保余额确实已经消耗完毕。

总结与建议

如果跨市医保转移后余额消失，建议根据上述原因逐一排查，并采取相应措施。如有疑问，可联系当地医保经办机构进行详细查询，必要时可申请余额调查或寻求法律援助。确保及时办理医保转移手续，避免因手续不全导致余额无法及时到账。