根据相关法律法规及政策规定，持有二级残疾证的人员申请免交农村合作医疗保险（农合）的流程和注意事项如下：

一、免缴条件

1. 法律依据

   根据《中华人民共和国残疾人保障法》第四十八条，政府有义务为贫困残疾人提供医疗救助，部分地区通过免缴或减缴农合费用实现这一目标。

2. 残疾等级要求

   一级至二级残疾人通常符合免缴条件，但需结合当地具体政策确认。

二、申请流程

1. 查询当地政策

   通过政府官网、医保部门网站或残联网站，了解当地对二级残疾人的具体免缴政策及申请流程。

2. 准备证明材料

   需携带以下材料：

   • 身份证原件及复印件

   • 二级残疾证原件及复印件

   • 户口本（部分地区需）。

3. 提交申请

   携带材料至户口所在地的社区残联或医保部门，提交免缴申请。

4. 审核与待遇享受

   • 社保部门审核通过后，将免除相关费用；

   • 若当地政策规定减缴，可能按比例收取费用。

三、注意事项

1. 政策差异

   免缴政策因地区而异，建议优先通过官方渠道核实最新政策，避免因政策变动影响权益。

2. 特殊情况处理

   • 若当地无明确政策，需按规定缴费，但可咨询民政部门申请医疗救助或残联帮扶；

   • 因经济困难无法缴费时，可向残联或民政部门申请临时救助。

3. 权益保障

   若对政策执行有疑问或遇到不公待遇，可通过以下方式维护权益：

   • 向当地残联或社保部门投诉举报；

   • 寻求法律援助或通过12345热线维权。

四、补充说明

• 部分地区可能要求提供低保证明、贫困证明等辅助材料，具体以当地规定为准；

• 若已参保但未缴费，需先补缴后方可享受医保待遇。

建议办理前通过12345热线或当地残联官网确认最新政策，确保材料齐全。